O Ministério das Mulheres foi criada, com estatuto de ministério, durante o Governo Lula, como forma de assegurar que as políticas públicas voltadas às mulheres recebessem maior atenção. Durante o governo Jair Bolsonaro se tornou uma pasta que dividia seus recursos orçamentários enquanto Ministério da Mulher, da Família e dos Direitos Humanos (MMFDH), cuja atribuição era estabelecer políticas públicas para a melhoria da vida de todas as mulheres, pessoas LGBTs, indígenas, pessoas negras etc., do Brasil. O principal objetivo da Secretaria é "promover a igualdade entre homens e mulheres e combater todas as formas de preconceito e discriminação herdadas de uma sociedade patriarcal e excludente."

Fundada em 2003 pelo Presidente Lula, a Secretaria era vinculada à Presidência da República, com Nilcéia Freire como ministra. Em 2010, foi alçada ao status de Ministra de Estado (Lei nº 12.314 de 2010), passando a atuar em três linhas: Políticas do Trabalho e da Autonomia Econômica das Mulheres, Enfrentamento à Violência contra as Mulheres e Programas e ações nas áreas de Saúde, Educação, Cultura, Participação Política, Igualdade de Gênero e Diversidade.

Em seus onze anos de história a SPM tem investido, principalmente, no combate à violência contra mulheres e adolescentes. Teve papel fundamental na aprovação da Lei Maria da Penha, em 2006, e desenvolve ações como a Central de Atendimento 180, a assinatura do Pacto Nacional pelo Enfrentamento à Violência contra a Mulher com estados e municípios, e o programa mais recente: Mulher, Viver sem violência.

A ministra-chefe da Secretaria até outubro de 2015, quando o órgão deixou de ter status de ministério, era Eleonora Menicucci. Em 2 de outubro de 2015 a Secretaria foi incorporada ao então recém-criado Ministério das Mulheres, da Igualdade Racial e dos Direitos Humanos (MMIRDH), unindo a Secretaria de Políticas de Promoção da Igualdade Racial, a Secretaria de Direitos Humanos e a Secretaria de Políticas para as Mulheres.

Em maio de 2016, o presidente interino Michel Temer extinguiu o MMIRDH e atribuiu suas funções ao Ministério da Justiça, que passou a se chamar oficialmente Ministério da Justiça e Cidadania.

De 2016 a 2017 a Secretaria Nacional de Políticas para as Mulheres foi comandada pela ex-deputada Fátima Pelaes, do PMDB Mulher

Em 2018, Andreza Colatto, também do MDB Mulher (SC), foi indicada a secretária Nacional de Políticas para Mulheres. A ex-deputada Tia Eron assume a pasta no começo de 2019.

Em 2019, foi criado o Ministério da Mulher, da Família e dos Direitos Humanos pelo ex-presidente Jair Bolsonaro sendo a primeira ministra a senadora Damares Alves e posteriormente Cristiane Britto.

Em 2023, o presidente Lula cumpre a sua promessa de campanha e recria o Ministério das Mulheres, sendo a sua ministra Cida Gonçalves.